Năm 1985, khi đang làm việc dưới vùng biển gần đảo Yonaguni Jima, một thợ lặn người Nhật vô tình phát hiện kiến trúc đá cổ đồ sộ. Công trình này dạng bậc thang với những góc cạnh được đẽo gọt cẩn thận khá giống với các kim tự tháp. Sau đó, nó đã được đặt tên là Quần thể kiến trúc Yonaguni.Các nhà khoa học đã tới nơi để kiểm tra sau khi nhận được thông tin. Ban đầu, họ cho rằng các khối đá này là do tự nhiên tạo thành. Tuy nhiên, năm 1997, Masaaki Kimura, nhà địa chất biển thuộc Đại học Ryūkyū, Nhật Bản, đã đến thăm công trình kiến trúc này cùng nhóm các nhà khoa học. Kimura dành nhiều năm để khám phá nó và đưa ra kết luận công trình này là con người tạo dựng nên. Ngoài ra, họ còn tìm thấy các ký tự hình động vật trên những phiến đá.Giới khoa học Nhật bản còn đưa ra kết luận đáng kinh ngạc rằng: Đây là dấu tích của nền văn minh cao cấp cổ xưa, là thành phố cổ bị động đất đánh chìm khoảng 12.000 năm trước. Nó được cho là hình thành vào cuối Kỷ Băng hà, khi khu vực này còn trồi lên trên mặt biển.

Trong một buổi hội thảo, Masaaki Kimura trình bày giả thuyết của mình: “Cấu trúc lớn nhất trông giống như kim tự tháp bậc thang, làm bằng đá nguyên khối, nhô lên ở độ sâu 25 mét". Tuy nhiên, Robert Schoch, giáo sư về khoa học và toán học tại Đại học Boston, người từng lặn xuống khu vực này lại nhận định: “Tôi không tin rằng bất kỳ cấu trúc hoặc hình khối lớn nào ở đó là các bậc thang nhân tạo, chúng đều là tự nhiên cả. Đó chỉ là những tầng đá cát, xu hướng đứt gẫy trên mặt phẳng dài, và tạo ra những rìa rất thẳng, đặc biệt ở trong vùng có nhiều đứt gãy và các hoạt động địa chấn".

Một vài chuyên gia tin rằng cấu trúc dưới biển này có thể là phần còn lại của Mu, một nền văn minh Thái Bình Dương trong truyền thuyết mà theo lời đồn là đã bị sóng biển nhấn chìm.Sau đó, các thợ lặn tìm thấy những con đường dài, những đại lộ lớn, những cấu trúc cầu thang lớn, những cấu trúc cổng tò vò, các khối đá khổng lồ được đẽo gọt chính xác và tỉ mỉ. Mười công trình khác được phát hiện ở Yonaguni, gồm một lâu đài, năm công trình giống như các đền thờ và thứ giống như sân vận động khổng lồ. Điều thú vị là tất cả các công trình này được kết nối với nhau bằng đường thuỷ và đường bộ.Các nhà khoa học chưa thể lý giải cách di tích này hình thành dưới đáy Thái Bình Dương. Quần thể kiến trúc này biến mất như thế nào và điều gì đã xảy ra cho tất cả những người sống ở đây? Nơi này vẫn là chủ đề gây tranh cãi trong hơn 30 năm qua.